Kräftpest ska upptäckas med miljö-dna

av Susanne Liljenström
Den snabba utvecklingen inom dna-teknik öppnar nya möjligheter att följa hur naturen mår. Med hjälp av miljö-dna undersöker forskare nu spridningen av kräftpest i älven Billan i Värmland.
Kräftpest ska upptäckas med miljö-dna
Signalkräftan fördes in till Sverige från Nordamerika och är idag den vanligaste kräftan i södra Sverige. Kräftorna planterades ut avsiktligt för att ersätta inhemska flodkräftor som minskat i antal på grund av kräftpest. Signalkräftan är dock bärare av en annan typ av kräftpest som hotar flodkräftan. Det är därför idag förbjudet att sätta ut signalkräftor. Foto: Eva Kylberg/Azote

I början av 1900-talet kom en skeppslast signalkräftor till Sverige. Vad man inte visste var att de bar på den fruktade kräftpesten, en dödlig sjukdom som orsakas av en vattenlevande algsvamp.

Sedan dess har pesten spritt sig över stora delar av landet, och idag är den främsta orsaken till att vår inhemska flodkräfta är näst intill utrotad och akut hotad enligt Artdatabankens rödlista.

Patrik Bohman ingår i en forskargrupp vid SLU Aqua som arbetar med att testa och utveckla nya metoder för att övervaka fisk, kräftor och musslor med hjälp av miljö-dna.

– I Värmland finns det fortfarande hopp för flodkräftan, berättar han. Det är ett av de få län där arten inte helt har försvunnit. Men illegala utsättningar av signalkräfta har smittat ner och slagit ut flera kräftvatten under senare år.

I samarbete med länsstyrelsen följer SLU utvecklingen i Billan, ett vattensystem intill norska gränsen med höga naturvärden och Natura 2000-status. Kräftpest är konstaterad i Billan, men frågan är hur långt upp i vattensystemet pesten har nått?

En enda spor räcker

Här är miljö-dna en intressant metod som gör det möjligt att upptäcka smittan i ett väldigt tidigt skede, förklarar Patrik Bohman. Det behövs nämligen mycket små mängder dna för att konstatera om svampen som orsakar kräftpest finns i vattnet.
– Om det så bara finns en enda spor per liter vatten kan det räcka.

Vid undersökningen tas vattenprov som filtreras genom ett specialfilter, för att försöka fånga upp sporer från svampen som orsakar pesten. Därefter extraheras dna ut från filtret och behandlas i en PCR-apparat. I processen används en så kallad ”primer”, en molekyl som specifikt känner igen dna från just kräftpest-svampen.

– Om det så bara finns en enda spor per liter vatten kan det räcka.

Att artbestämma djur, växter, svampar och mikroorganismer med hjälp av genetiska markörer kallas ibland för streckkodning eller “barcoding”. I takt med att allt fler arter kartläggs hittar man kromosombitar eller gener som är unika för olika arter.

Informationen lagras i sökbara databaser, och det är mot dessa man jämför sitt dna från till exempel ett vattenprov.
– Särskilt långt har man kommit när det gäller fisk, berättar Patrik Bohman. Idag finns genetiska markörer för nästan alla av Europas drygt 200 fiskarter.

Provfiske behövs fortfarande

Men det finns också en risk att man överdriver vad som kan göras med miljö-dna, menar Patrik Bohman:
– Metoden kan inte helt och hållet ersätta traditionell miljöövervakning. Den säger till exempel ingenting om en beståndets storlek, hälsostatus, ålders- och könsfördelning etcetera. Till det behövs fortfarande traditionellt provfiske.

En stor utmaning är att ta fram metoder som är standardiserade och jämförbara, påpekar Patrik Bohman. Särskilt när utvecklingen går så otroligt snabbt.

Man vet till exempel att hur och när man samlar in sitt vattenprov kan ha stor betydelse för analysen; om vattnet innehåller stora mängder humus eller om en algblomning pågår så påverkar det resultatet.

Ökar möjligheten till snabba åtgärder

Eftersom man behöver så små mängder dna är miljö-dna särskilt användbart för att övervaka sällsynta arter. Av samma anledning lämpar sig metoden för att hitta främmande arter innan de etablerat sig, eller små kräftpestsporer från smittade signalkräftor som planterats ut i en sjö eller vattendrag.

– Om vi kan upptäcka smittan i ett tidigt skede ökar det möjligheten att sätta in motåtgärder, säger Patrik Bohman.

Det är numera förbjudet att plantera ut signalkräfter, eftersom de med stor sannolikhet bär på kräftpesten. Att informera om detta är en viktig uppgift för länsstyrelsen, liksom att skydda osmittade vatten. Målet är att värna den inhemska flodkräftan och bevara biologisk mångfald. På köpet får vi behålla en svensk delikatess att njuta mörka sensommarkvällar i fullmånens sken.

Patrik Bohman

Patrik Bohman är miljöanalytiker vid SLU Aquas Sötvattenlaboratorium på Drottningholm utanför Stockholm. Han arbetar med miljö-dna i olika projekt med fisk, kräftor och musslor. Foto: Björn Ardestam.

Patrik Bohmans rapport ”eDNA i en droppe vatten. Vattenprovtagning av DNA från fisk, kräftor och musslor”, Aqua reports 2018:18, kan laddas ner från SLU:s externwebb.

av Susanne Liljenström

Vad tycker du? Kommentera :

Extrakts kommentarsfält är modererat. Vi förbehåller oss rätten att radera eller beskära poster som till exempel innehåller reklam, personangrepp, rasistiskt eller sexistisk innehåll, alternativt länkar till sidor där sådant innehåll förekommer.

Vi håller dig uppdaterad!

Kunskapen, idéerna & de nya lösningarna för ett hållbart samhälle. Prenumerera på Extrakts nyhetsbrev.

Vi håller dig uppdaterad!

Kunskapen, idéerna & de nya lösningarna för ett hållbart samhälle. Prenumerera på Extrakts nyhetsbrev.